O Componente Indígena do Plano Básico Ambiental (CI-PBA) do Contorno Rodoviário de Florianópolis envolve dez comunidades guarani localizadas em Palhoça, Biguaçu e Canelinha. Sendo elas Morro dos Cavalos (Itaty e Yaka Porã), Massiambu (Pira Rupá), Praia de Fora I, Praia de Fora II (Ka’Arã), Cambirela, M’Biguaçu (Yynn Moroti Wherá), Amaral (Mymba Roka), Amâncio (Ygua Porã), Itanhaém e Canelinha (Tava’í), localizadas nos municípios de Palhoça, Biguaçu e Canelinha.

O processo de licenciamento conduzido pelo IBAMA e pela FUNAI levou em consideração a Portaria Interministerial nº 419 de outubro de 2011, que delimita a abrangência das áreas com potencial interferência pelos empreendimentos nas terras indígenas, que no caso do Contorno Rodoviário de Florianópolis está inserido parcialmente no raio de 10 km das terras indígenas alvo dos estudos, porém não havendo interferência direta nessas terras. A Aldeia de Itanhaém é a terra indígena localizada mais próxima do empreendimento, a uma distância de 3.300 metros. Já a Aldeia de Massiambu é a mais distante, estando a 15.700 metros de distância do empreendimento.

Essas comunidades pertencem aos subgrupos Mbya e Nhandeva, e mantêm fortes laços sociais, políticos e econômicos entre si. A língua guarani é amplamente falada, embora muitas famílias também falem português. As práticas culturais incluem rituais religiosos e celebrações tradicionais.

O CI-PBA foi elaborado considerando o contexto social e histórico dos guaranis contabilizando 80 metas atendidas em 101 atividades e propôs cinco subprogramas para mitigar os impactos do contorno rodoviário:

1. Subprograma de Gestão Territorial e Ambiental: Focado em etnomapeamento, zoneamento, gestão ambiental e recuperação de áreas florestais, incluindo a construção de infraestruturas comunitárias e a criação de sistemas agroflorestais, compondo 05 linhas de ação, 13 metas e 27 atividades.
2. Subprograma de Articulação e Fortalecimento Organizacional Indígena: Envolveu a monitorização da implementação do CI-PBA, a promoção do fortalecimento organizacional e a capacitação política das comunidades guarani, compondo 04 linhas de ação, compostas por 12 metas e 12 atividades.
3. Subprograma de Comunicação Social: Capacitou indígenas em comunicação, permitindo-lhes representar suas comunidades e monitorar o andamento do projeto, com a contratação de um monitor por terra indígena, compondo 04 linhas de ação, 19 metas es 19 atividades.
4. Subprograma de Monitoramento Ambiental: Realizou monitoramentos de ruído, fauna, poluição, acidentes, e aspectos arqueológicos, além de informar as comunidades sobre os resultados, compondo 06 linhas de ação, 14 metas e 16 atividades.
5. Subprograma de Apoio à Saúde e Saneamento: Visou a melhoria das condições de saúde e saneamento, identificando necessidades e desenvolvendo projetos para sistemas de água e esgoto, compondo 04 linhas de ação, 21 metas e 37 atividades.